1918. gada septembrī pāvests Benedikts XV (1914–1922) atjaunoja seno Rīgas diecēzi, bet tā paša gada 18. novembrī tika proklamēta Latvijas Republika. Šajos jaunajos apstākļos viens no pirmajiem uzdevumiem, līdzās hierarhijas un organizācijas izveidei, bija gādāt par dvēseļu aprūpei nepieciešamajiem priesteriem daudznacionālajai katoļu kopienai Latvijā. Līdz šim topošo priesteru formācija notika galvenokārt Pēterpils Garīgajā seminārā (1879–1917) un Pēterpils Ķeizariskajā garīgajā akadēmijā (1842–1918), kas beidza savu pastāvēšanu pēc revolūcijas Krievijas impērijā. Jau 1918. gada sākumā Mogiļevas arhibīskaps Eduards fon der Rops (1851-1939) lūdza profesoru Jāzepu Rancānu (1886–1969) organizēt Aglonā garīgo semināru, lai sagatavotu klēru darbam vietējās draudzēs. Tomēr šo nodomu izjauca karadarbība Latgales teritorijā.

1920. gada 22. aprīlī par Rīgas bīskapu tika nominēts Antonijs Springovičs (1876–1958), un jau tā paša gada 3. oktobrī viņš paraksta lēmumu par diecēzes semināra dibināšanu Aglonā. 21. oktobrī tajā uzsāka mācības 29 kandidāti: 18 — sagatavošanās kursā un 11, kuri iepriekš bija studējuši Pēterpilī un Viļņā, turpināja studijas vecākajos kursos. Par Garīgā semināra pirmo rektoru tika iecelts prof. Jāzeps Rancāns.

Līdz ar bīskapa pārcelšanos uz Rīgu 1924. gadā, arī Garīgais seminārs atrada jaunu mājvietu galvaspilsētā, Altonavas ielā. Lai nostiprinātu akadēmisko personālu šajā laikā, vairāki priesteri tiek sūtīti izglītības iegūšanai ārzemju augstskolās (Romā, Insbrukā, Vīnē, Strasbūrā), kā arī tiek noteiktas stingrākas izglītības prasības jaunu kandidātu uzņemšanai.

Lai gan iecere uz Rīgas Garīgā semināra bāzes izveidot LU Katoļu teoloģijas fakultāti tika apspriesta jau 1931. gadā, tas kļuva iespējams, vien mainoties politiskajai situācijai valstī un noslēdzot papildus vienošanos starp Latvijas Republiku un Svēto Krēslu. Katoļu teoloģijas fakultātes atklāšanas svinības notika 1938. gada 15. septembrī, klātesot valdības pārstāvjiem, Latvijas Universitātes rektoram, visiem fakultāšu dekāniem, garīdzniecībai un sabiedrības pārstāvjiem. Fakultātes dibināšana ļāva iegūt izglītību ar licenciāta un doktora grādu teoloģijā. Par pirmo fakultātes dekānu tika ievēlēts bīskaps Jāzeps Rancāns.

Dažādo okupācijas varu klātbūtnē Otrā Pasaules kara laikā mācības klātienē tiek pārtrauktas, vienīgi 1942. gadā studijas nepabeigušie semināristi varēja neoficiāli pulcēties Aglonā, bet 1943. gada decembrī vecāko kursu audzēkņi drīkstēja pārcelties uz Rīgu, dzīvojot pie svētā Alberta baznīcas. Tomēr no 1944. gada novembra līdz 1946. gada martam seminārs klātienē nedarbojās. Jau 1945. gada decembrī arhibīskaps Antonijs vērsās pie Padomju valdības ar lūgumu atļaut atjaunot Garīgā semināra darbību un, saņēmis apstiprinošu atbildi, iecēla jaunu vadību: Dr. Pēteri Strodu (1892–1960) par rektoru, Kazimiru Duļbinski (1906–1991) par inspektoru, savukārt Antonu Šķeļu   MIC (1915–2013) par garīgo tēvu. 1946. gada 7. martā formāciju atsāka 11 audzēkņi, 5 no tiem — sagatavošanās kursā. Nākamajos divos gados semināristu skaits turpināja pieaugt, un jau 1948.-1949. mācību gadā semināra kopienu veidoja 49 kandidāti uz priesterību. Šāds stāvoklis noteikti nebija patīkams pret Katolisko Baznīcu naidīgi noskaņotajam režīmam, tāpēc nav jābrīnās, ka 1951. gada janvārī sekoja paziņojums par Garīgā semināra slēgšanu. Tomēr rūpēs par topošo dvēseļu ganu formāciju arhibīskaps A. Springovičs kopā ar bīskapu P. Strodu lēma, ka turpmāk visi 38 audzēkņi dzīvos pie atsevišķiem prāvestiem. 1952. gada pavasarī valdība ļāva Semināram darboties divarpus mēnešus pavasarī un tikpat rudenī, pārējā laikā semināristiem bija jāstudē privāti un jāuzturas pie prāvestiem. Šāds režīms turpinājās līdz 1954. gada 18. decembrim, kad rektors P. Strods paziņoja par oficiāla mācību iestādes statusa piešķiršanu Garīgajam semināram, atceļot iepriekšējos ierobežojumus, bet nosakot obligāto karaklausību. Seminārs atsāka savu darbību pie svētā Franciska baznīcas Kijevas ielā 16.

1958. gadā nomira arhibīskaps Antonijs Springovičs, bet divus gadus vēlāk diecēzes administrators un Semināra rektors bīskaps Pēteris Strods. Tā kā nākamais diecēzes administrators Julijans Začests (1914–2004) nebija bīskaps, tad radās bīstams precedents, un bija jāmeklē bīskaps Ordinācijas sakramenta piešķiršanai pēdējo kursu semināristiem. Risinājums tika rasts 1961. gadā, uzaicinot uz Rīgu Telšu apustulisko administratoru bīskapu Pēteri Maželi (1894–1966). Savukārt nākamajos trijos gados tas pats bīskaps ordinēja diakonus un prezbiterus Latvijai Kauņas katedrālē.

Situācija sāka mainīties 1964. gadā, kad ģenerālvikārs Julijans Vaivods (1895-1990), piedaloties Vatikāna II koncila trešajā sesijā Romā, 18. novembrī svētā Pētera bazilikā tika ordinēts par bīskapu un iecelts par Rīgas arhidiecēzes un Liepājas diecēzes apustulisko administratoru. Bīskaps J. Vaivods par vienu no galvenajiem uzdevumiem izvirzīja Garīgā semināra saglabāšanu ne būt ne vieglos apstākļos, kad padomju valdība lika dažādus šķēršļus gan jaunu kandidātu uzņemšanai, gan atbilstošu pasniedzēju izraudzīšanai no priesteru vidus. No 1959. līdz 1969. gadam seminārā ik gadu drīkstēja uzņemt vien divus jaunus audzēkņus, un kopējais skaits nepārsniedza 11. Bīskapa centieni atrast zināmu modus vivendi ar komunistisko režīmu nesa augļus, un, sākot ar 1968./1969. mācību gadu, Rīgas Garīgajā seminārā sāka uzņemt priesterības kandidātus no Ukrainas, bet turpmākajos gados arī no Baltkrievijas, Igaunijas un citām PSRS sastāvā esošajām republikām, 1978.-1979. mācību gadā iegūstot starprepublikāniska semināra statusu ar misiju sagatavot priesterus visai Padomju Savienībai, izņemot Lietuvu. Praktiskā līmenī tas radīja nepieciešamību pēc piemērotām telpām un 1980.–1982.g., kā arī 1989.–1993.g. mons. Oļģerta Daļecka vadībā pie Svētā Franciska baznīcas tapa jaunās Garīgā semināra ēkas, piemērotas dzīvošanai un studijām.

Līdz ar valstiskās neatkarības atjaunošanu un PSRS sabrukumu, Rīgas Garīgais seminārs piedzīvoja būtiskas pārmaiņas. Vispirms jau jaunu semināru dibināšana Ukrainā un Baltkrievijā nozīmēja semināristu skaita samazināšanos; tas ļāva koncentrēties uz vietējiem apstākļiem piemērota klēra formāciju Rīgas un Liepājas diecēzēm. Tāpat no jauna varēja risināt akadēmiskā personāla sagatavošanu, gan aicinot ārzemēs dzīvojošos latviešu izcelsmes priesterus, gan arī sūtot spējīgākos kandidātus studēt augstskolās un formācijas iestādēs citās valstīs (Romā, Francijā, ASV, Polijā u.c.). Tas atspoguļojās arī rektoru izvēlē: Beļģijā dzimušais priesteris Andris Marija Jerumanis vadīja Garīgo semināru no 1991. līdz 1994. gadam, savukārt viņam sekoja no ASV atpakaļ atceļojušais priesteris Antons Justs (1931–2019), kurš turpināja pildīt rektora pienākumus līdz pat 2006. gadam arī pēc iecelšanas par Jelgavas diecēzes pirmo bīskapu 1995. gada decembrī.

Neaizmirstams notikums bija pāvesta Jāņa Pāvila II (1978-2005) uzturēšanās Garīgajā seminārā viņa Apustuliskās vizītes laikā 1993. gada 8.- 9. septembrī.

Kopš 1999. gada Rīgas Garīgā semināra absolventi var iegūt arī bakalaura grādu teoloģijā, jo uz semināra bāzes tika nodibināts Rīgas Teoloģijas Institūts kā Laterāna Pontifikālās universitātes Teoloģijas fakultātes filiāle.

Tā kā pāvests Jānis Pāvils II jau 1995. gada decembrī, pārveidojot Rīgas un Liepājas diecēzes, dibināja divas jaunas bīskapijas ar katedrām Rēzeknē un Jelgavā, tad laika gaitā Garīgais seminārs izjuta arvien lielāku nepieciešamību pēc ciešākas saiknes ar diecēžu ordinārijiem. 2017. gadā Klēra kongregācija, atbildot Latvijas Bīskapu konferences lūgumam, pārveidoja Rīgas metropolijas Romas katoļu Garīgo semināru par Latvijas Starpdiecēžu augstāko garīgo semināru.